高溫發酵是好氧發酵，能殺滅絕大多數病原菌等微生物、蟲卵和雜草種子，是畜禽糞便處理無害化的重要過程。預處理系統和設備已經為高溫發酵提供了合格的原料，包括合格的粒度、合理的C/N、合適的水分。一些大型的有機肥加工廠常用的幾種塔式發酵設備有多種類型，可根據實際需要選擇。

　　①多階段立式發酵塔：又叫托馬斯發酵塔，分八層，從上到下分為低溫區、中溫區和高溫區，塔中原料通過旋轉臂上的犁形攪拌槳攪拌從上層往下層移動，每層物料都被槳攪拌和翻動，并有新鮮空氣通入。

　　②多層立式發酵塔：通常五層，具體層數根據所處理原料來確定，呈圓柱形，物料從上到下移動。

　　③多層槳式發酵塔：塔中心安有一圓柱形旋轉軸，每層都有螺旋槳和排料口，物料在螺旋槳作用下一層層地從上向下移動。

　　④活動層多階段發酵塔：在塔內邊緣處安裝有刮板裝置，可發酵物通過刮板裝置控制在1—2 m。空氣從底部通入，可發酵物在水平方向慢慢運動，與進料數量相對應的物料往下落，可發酵物從頂部向下層運動。在這過程中，同時進行通風和攪拌。

　　⑤多層次直落發酵塔：又稱為約翰-湯姆森發酵塔，塔呈方形，常用水泥或鋼板制成。間斷地講課發酵物料從頂部加入，物料斜穿過許多層次的回轉蝶形桿落下，或通過帶有翅片的旋轉軸慢慢落下。空氣通過蝶形桿或旋轉軸表面以及塔的上下邊緣進入和排出。

　　⑥窯型發酵塔：這種發酵塔配有通風裝置、進料與出料口，頂部有刮料裝置，底部有螺旋形送出裝置，在某些情況下還有慢速攪拌機構。為保持塔內好氧條件，塔內底部有蜂窩狀散氣管。